במוזיאון תצוגת קבע המוקדשת למרסל ינקו. בנוסף מקיים המוזיאון כעשרים תערוכות מתחלפות מדי שנה: בחללי הגלריות; במעברים ובחללים אלטרנטיביים; וכן בחלל ה"בור", שנחפר מתחת ליסודות המוזיאון ובו מתקיימות תערוכות וידיאו מתחלפות. רוב הפעילות האמנותית מוקדשת לנושאים הקשורים באמנות מודרנית אוונגרדית, מיצבים, תערוכות וידיאו ופרויקטים מיוחדים. במרבית הפרויקטים מופק קטלוג. במוזיאון נערכים גם מיצגים והפקות בימתיות המיוחדות לחלליו – בתוך המוזיאון וסביבו, בנוסף על אירוח הצגות וקונצרטים, ימי עיון, הרצאות ועוד.

גולת הכותרת במוזיאון בשנים האחרונות היא פעילות אגף הנוער הקולט אלפי מבקרים מדי שנה. באמתחתו תכניות הדרכה מגוונות המותאמות לקבוצות גיל שונות ולאוכלוסיות מיוחדות. ההדרכות משלבות פעילויות וסיור בתערוכות; "סיפורה של מדלן", סיור מומחז בכפר האמנים; "צורה לי", הצגה לילדים הנערכת בתערוכתו של מרסל ינקו; ביקור ומשחקים בכפר; וסדנאות יצירה בשיתוף אמני הכפר.

במקביל מקיים המוזיאון מערך השתלמויות לעובדי הוראה. מרכז הפעילות הייחודי, ה"מעבדאדא", משלים את הפעילות, המשלבת רעיונות דאדאיסטים ויצירה עכשווית תוך התמקדות בפתרונות דידקטיים.